Después de combatir y derrotar a los zoques y chiapanecas, Diego de Mazariegos fundó la Villa Real de Chiapa el 31 de marzo de 1528. En el mismo año, se crearon barrios para distintos grupos indígenas: tlaxcaltecas, mexicas, zapotecas, mixtecas y quiches.
Posteriormente, en 1536, a la villa se le reconoció como ciudad y recibió el nombre de Ciudad Real de Chiapa. Ya en 1829 se le llamó Ciudad de San Cristóbal y, años después, en 1848, se agregó Las Casas. Finalmente, San Cristóbal de las Casas se quedó como el nombre definitivo.